药学部现有临床药学科、药品调剂科/静脉用药调配中心、药物临床试验机构办公室三个亚专科。药学部同时建有精准药学实验室，常规开展治疗药物浓度监测和模型引导的新药临床研究，为个体化药物治疗和药物临床实验研究提供技术平台。药学部已于2019年成功申请为苏州市临床重点专科，2023年顺利通过市重点专科复评，2021年成功申请为苏州市医学重点学科。临床药学科于2018年成功申请为“国家临床药师培训基地”和“国家级合理用药示范基地”。
药学部共有药学专业技术人员113人，其中主任药师5人，副主任药师23人、主管药师67人，药师18人，博士研究生9名、硕士研究生27名，学士71名，专科6人。科室学科带头人1名，学术骨干4名，均有一定的学术地位，教学科研工作能力强。
学科带头人潘杰，主要致力于全院合理用药管理、用药安全性监测与评价、抗菌药物临床合理应用管理、药品采购供应调剂管理、静脉用药调配中心建设管理和临床药学学科建设等各项工作。为本院的药学发展的转型作出了突出的贡献。
药学部目前有门诊自动发药机、智能贮药机、病区片剂自动摆药机、静脉用药调配中心智能一体化设备、自动调配机器人及自动分拣系统等自动化设备已在药学部各调剂部门推广应用。药学实验室配备多台液质联用仪（Q Exactive高分辨液质联用仪、LC-MS/MS液质联用仪）、血药浓度监测仪以及基础研究的设备，包括实时荧光定量PCR仪、荧光及化学发光成像系统、倒置显微镜、电泳仪、纯水仪、真空离心浓缩仪、电子天平等。各部门设备均有专人负责管理、维护及维修，保证正常使用。
近三年药学部获得国家自然科学基金项目5项、江苏省重点研发1项，中核集团青年英才1项，江苏省自然科学基金项目1项、苏州市科技计划15项及江苏省药学会科研项目7项，发表高质量国内外学术期刊论文41篇，江苏省医学新技术引进奖2项，苏州市医学科技奖1项。